Maya Ying Lin là một người Mỹ gốc Hoa, sinh tại Athens, Ohio. Cha mẹ bà nhập cư vào Hoa Kỳ năm 1949 và định cư ở tiểu bang Ohio năm 1958, một năm trước khi sinh Maya Ying Lin.[2] Người cha của bà, ông Henry Huan Lin, là chuyên gia đồ gốm sứ và cựu khoa trưởng của "Trường Mỹ thuật" Đại học Ohio.[1] Bà là cháu họ của Lâm Huy Nhân, người được coi là nữ kiến trúc sư đầu tiên ở Trung Quốc.[3] Lâm Giác Dân, một trong 72 người tử đạo trong vụ Nổi dậy Quảng Châu lần thứ hai là người anh em họ của ông nội bà.[4]

Maya Ying Lin học ở Đại học Yale, đậu bằng cử nhân năm 1981 và bằng thạc sĩ kiến trúc năm 1986. Bà cũng đã được trao tặng bằng tiến sĩ danh dự của Đại học Yale, Đại học Harvard, Williams College và Smith College.[5] Bà là người trẻ tuổi nhất ở Đại học Yale được trao bằng tiến sĩ danh dự về Mỹ thuật năm 1987.[6]

Lin là con gái út, bà có một anh trai là giáo sư tiếng Anh kiêm thi sĩ. Thời niên thiếu, bà không có nhiều bạn và thường quanh quẩn trong nhà, thích học hành. Khi không học ở trường, bà theo học các khóa học độc lập ở đại học Ohio và dùng thời gian rảnh rỗi để đúc các đồ bằng đồng tại xưởng đúc của trường.[7] Lin, lớn lên như một người thiểu số gốc châu Á, đã nói rằng bà "thậm chí còn không nhận ra" mình là người Trung Quốc cho tới mãi sau này, và rằng phải đến lứa tuổi 30 bà mới muốn tìm hiểu nền văn hóa gốc của mình.[8] Bình luận về thiết kế một ngôi nhà mới cho Nhà bảo tàng Trung Quốc ở Hoa Kỳ gần phố Trung Quốc, Manhattan thuộc thành phố New York của mình, Lin đã gắn kèm một ý nghĩa cá nhân vào dự án để thành một dự án có liên quan tới Trung Quốc vì bà muốn 2 cô con gái của mình biết "phần này là di sản của họ".[2]